Nein, iTunes speichert alle Einstellungen und Daten aus dem Appstore beim backupen. Dieses Backup kann wiederhergestellt werden (nach dem Jailbreak). Falls Anwendungen nicht mehr korrekt funktionieren, müssen diese neu installiert werden, die Daten gehen aber nicht verloren dabei. Auch nach dem Jailbreak werden diese Daten gespeichert.
Anwendungen welche per Cydia installiert wurden können leider nicht mit iTunes gebackupt werden. Diese Daten gehen verloren.