Dieses Problem tritt sowohl beim gejailbreakten iPhones bzw. wie auch bei iPhones auf welchen kein Jailbreak durchgeführt wurde auf. Zum Glück gibt es eine einfache Möglichkeit, welche das Problem behebt und vor allem keine Daten dabei verloren gehen.
Man muss einfach die betreffenden Applikationen (sind eigentlich immer Applikationen aus dem App-Store) neu installiere. Wenn man diese dann startet, funktioniert alles wieder und die vorher vorhandenen Daten sind wieder nutzbar.
Es ist anzunehmen dass iTunes manchmal die installierten Applikationen nicht korrekt sichert und deshalb dieses Problem auftritt.